- Trường thành lập vào tháng 08 năm 2001 đến nay.

  - Năm học 2001 – 2002 (Lúc đầu trường chỉ có 15 CB, GV, CNV và hơn 200 học sinh), 2002 – 2003, 2003 – 2004, 2004 – 2005 trường hoạt động tại điểm trường Minh Đức (Nhờ điểm trường), hiệu trưởng là thầy Võ Xuân Sanh.

  - Năm 2007 trường chuyển về điểm trường mới trường THPT Bình Khánh, đường Hàm Nghi phường Bình Khánh, TP. Long Xuyên.

  - Năm 2005 – 2006, 2006 – 2007, 2007 – 2008, Hiệu trưởng thầy Võ Xuân Sanh.Năm học 2006 – 2007 trường có thêm 1 phân hiệu tại Mỹ Hoà Hưng.

  - Năm học 2010 – 2011 trường tách điểm phân hiệu Mỹ Hoà Hưng thành trường THPT Mỹ Hoà Hưng.

  - Năm học 2008 – 2009 đến 2012 – 2013 Hiệu trưởng nhà trường cô Nguyễn Thị Thu An.

  - Năm học 2013 – 2014 đến hết năm học 2016 – 2017 Hiệu trưởng nhà trường cô Đặng Thị Kim Phượng.

  - Năm học 2017 – 2018 đến nay Hiệu trưởng nhà trường thầy Lê Trọng Trí.

  - Ngày 03/8/2015, UBND Tỉnh An Giang ra Quyết định số 1497/QĐ-UBND Về việc đổi tên trường THPT của thành phố Long Xuyên và huyện Chợ Mới trong đó có trường THPT Bình Khánh được đổi tên thành trường THPT Nguyễn Hiền.

  - Ngày 10/8/2017, Sở Giáo dục và Đào tạo An Giang ra quyết định số 1013/QĐ-SGDĐT về việc bổ nhiệm cán bộ quản lý trường học đối với thầy Lê Trọng Trí giữ chức vụ Hiệu trưởng trường THPT Nguyễn Hiền kể từ ngày 10/8/2017.